เมื่อน้ำเสียถูกเติมอากาศอย่างเพียงพอจุลินทรีย์บำบัดน้ำเสีย อินทรียวัตถุจะลดลงและเกิดตะกอนตกตะกอน (ประกอบด้วยจุลินทรีย์ต่างๆ) เพื่อปรับปรุงกระบวนการ ตะกอนเร่งที่ตกตะกอนจะถูกเก็บไว้ในระบบเป็นหัวเชื้อ ซึ่งทำได้โดยการตกตะกอนน้ำเสียและหมุนเวียนมวลจุลินทรีย์ ส่วนหนึ่งของตะกอนเร่งน้ำเสียนี้จะสูญเปล่าเป็นระยะ จุลินทรีย์บำบัดน้ำเสียเนื่องจากการสังเคราะห์เซลล์ใหม่ยังคงดำเนินต่อไปสิ่งมีชีวิตที่เกี่ยวข้องกับกระบวนการบำบัดตะกอนเร่ง

คือแอโรบิกคีโมเฮเทอโรโทรฟิก จุลินทรีย์บำบัดน้ำเสียกล่าวคือ สิ่งมีชีวิตที่ใช้สารประกอบอินทรีย์เป็นแหล่งคาร์บอน สำหรับการสังเคราะห์เซลล์ และพลังงาน โดยใช้ออกซิเจนเป็นตัวรับอิเล็กตรอนในขั้นต้น โมเลกุลขนาดใหญ่จะถูกไฮโดรไลซ์หรือแตกตัวเป็นสารประกอบโมโนเมอร์ ปฏิกิริยาเหล่านี้จุลินทรีย์บำบัดน้ำเสียมักจะดำเนินการนอกเซลล์ในกระบวนการบำบัดน้ำเสียที่ใช้น้ำเสีย เมื่อขนาดลดลง พวกมันจะถูกลำเลียงเข้าเซลล์ต่อมา โมเลกุลขนาดเล็กที่ผลิตในเฟสที่ 1 จะถูกย่อยสลายบางส่วน

ส่วนร่วมในการควบคุมกระบวนการตะกอนเร่งจุลินทรีย์หลายชนิด

โดยปล่อยพลังงานทั้งหมด 1/3 ของพวกมันไปยังเซลล์ ในกระบวนการนี้ มีการสร้างผลิตภัณฑ์ที่แตกต่างกันจำนวนหนึ่งซึ่งทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นของทั้งเส้นทาง anabolic และ catabolic ของเฟส iii เส้นทาง catabolic จุลินทรีย์บำบัดน้ำเสียออกซิไดซ์สารประกอบและผลิตก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์และพลังงาน เส้นทาง จุลินทรีย์บำบัดน้ำเสีย ซึ่งต้องใช้พลังงาน ส่งผลให้เกิดการสังเคราะห์วัสดุเซลล์ใหม่ที่มีส่วนร่วมในการควบคุมกระบวนการตะกอนเร่งจุลินทรีย์หลายชนิดมีส่วนร่วมในปฏิกิริยาข้างต้นระหว่างการบำบัดน้ำเสีย กากตะกอนที่เปิดใช้งานนั้นต้องการให้โพรทิสต์ทั้งที่ต่ำกว่าและสูงกว่านั้น

มีบทบาทสำคัญ โดยทั่วไป สิ่งมีชีวิตในการเพาะเลี้ยงกากตะกอนสามารถแบ่งออกได้เป็น 4 ประเภทใหญ่ๆ จุลินทรีย์บำบัดน้ำเสียซึ่งไม่ใช่กลุ่มที่แตกต่างกัน จุลินทรีย์บำบัดน้ำเสียและสิ่งมีชีวิตใดๆ อาจแสดงพฤติกรรมดังกล่าวได้มากกว่าหนึ่งประเภทสิ่งมีชีวิตที่ก่อตัวเป็นก้อนช่วยแยกตะกอนจุลินทรีย์ออกจากน้ำเสียที่ผ่านการบำบัดแล้ว Zooglea ramigera และสิ่งมีชีวิตอื่นๆ อีกหลายชนิดจับกลุ่มกันในถังตะกอนเร่ง เป็นที่เข้าใจกันว่าการตกตะกอนเกิดจากโพลีอิเล็กโทรไลต์นอกเซลล์ที่ถูกขับออกมา

เนื่องจากโรติเฟอร์จะพินาศในน้ำที่มีมลพิษสูงสิ่งมีชีวิตที่ก่อความรำคาญสิ่งมีชีวิต

โดยจุลินทรีย์เหล่านี้ผู้ล่าหลักคือโปรโตซัวที่เจริญเติบโตในแบคทีเรีย พบว่าโปรโตซัวมีมวลมากถึง 5% ของมวลสารชีวภาพในระบบ Ciliates มักเป็นโปรโตซัวที่โดดเด่น จุลินทรีย์บําบัดน้ำเสีย บ่อปลาพวกมันติดอยู่หรือคลานบนพื้นผิวของตะกอนตะกอนในตะกอนเร่งน้ำเสียนี้ โรติเฟอร์เป็นผู้ล่ารอง เมื่อโรติเฟอร์เกิดขึ้นในปริมาณมาก

เราสามารถมั่นใจได้ว่าของเสียที่มีความเสถียรดีจุลินทรีย์บำบัดน้ำเสีย เนื่องจากโรติเฟอร์จะพินาศในน้ำที่มีมลพิษสูงสิ่งมีชีวิตที่ก่อความรำคาญสิ่งมีชีวิตที่ก่อกวนรบกวนการทำงานที่ราบรื่นของระบบตะกอนเร่งน้ำเสีย จุลินทรีย์บำบัดน้ำเสียเมื่อมีในปริมาณมาก ปัญหาส่วนใหญ่เกิดจากการตกตะกอนของตะกอน (เนื่องจากการมีอยู่ของรูปแบบใยซึ่งลดความถ่วงจำเพาะของตะกอน) แบคทีเรีย sphaerotilus natans และเชื้อรา geotrichium มักจะรับผิดชอบต่อสถานการณ์นี้